După ce se stabilește în Green Hills, Sonic este nerăbdător să demonstreze că are ceea ce îi trebuie pentru a fi un adevărat erou. Testul său vine atunci când Dr. Robotnik se întoarce, de data aceasta cu un nou partener, Knuckles, în căutarea unui smarald care are puterea de a distruge civilizații. Sonic face echipă cu propriul său sidekick, Tails, și împreună pornesc într-o călătorie prin lume pentru a găsi smaraldul înainte ca acesta să cadă în mâini greșite.