Serialul are loc la zece ani după finalul filmului Armada, deschizând o epocă de pace pe Cybertron și pe Pământ, dar care este destinată să nu dureze prea mult. Energon îi opune pe Autoboți unei serii de răufăcători: Megatron renăscut , Unicron abia funcțional și misteriosul Alpha Q și slujitorii săi Terrorcon.