Un grup misterios de ninja face un atac surpriză asupra Konohagakure, care suferă mari pagube. Coșmarul unui alt război mondial al shinobiștilor ar putea deveni realitate. Sasuke, care era încă un nin dispărut din Konoha, încercând să-și ucidă fratele, Itachi, apare pentru a doua oară în fața lui Naruto într-o locație necunoscută pentru a împiedica acest lucru să se întâmple.